THE ROLE OF ARGININE METHYLATION IN MIRNA BIOGENESIS INVESTIGATED BY MS-PROTEOMICS

MicroRNAs (miRNAs) are short, non-coding RNA molecules that fine tune gene expression at the post-transcriptional level. The efficient miRNA processing is fundamental to maintain their correct levels in the cell. However, although microRNA biogenesis is a tightly controlled pathway, alterations in this process occur in different pathological conditions, including cancer. Hence, dissecting the molecular mechanisms underlying miRNA biogenesis is crucial to understand how aberrant miRNA patterns are generated. The processing step operated by the Large Drosha Complex (LDC), which is crucial and rate limiting for the production of mature miRNAs, occurs in the nucleus and it consists in the cleavage of the primary miRNAs (pri-miRNAs) into the precursor miRNAs (pre-miRNAs). In our previous MS-based analysis of the cellular methylome, we showed that protein methylation frequently occurs on the majority of the LDC subunits [1], suggesting for the first time the possibility that this post translational modification (PTM) could contribute to the regulation of miRNA biogenesis. To investigate the role of protein methylation in the regulation of the LDC, we thoroughly characterized the methylated sites on the subunits of the complex, thus generating the first comprehensive and high-confident methyl-proteome of the LDC. By modulating the expression of PRMT1, the predominant Protein Arginine Methyltransferase in mammalian cells, we analyzed how methylations change at specific sites of distinct LDC subunits, thus identifying novel PRMT1 substrates. The alteration of the LDC-methylation state upon PRMT1 depletion correlated with an impairment of the pri- to- pre-miRNA processing step, which resulted in the massive deregulation of mature miRNA expression. Although the detailed molecular mechanism remains to be fully deciphered, the results described in this thesis uncover a key role of arginine methylation in the regulation of the LDC activity and, consequently, in miRNA biogenesis

Análise das violações encontradas em alimentos nos programas nacionais de monitoramento de agrotóxicos.

Nos últimos anos o Brasil atingiu um grande destaque no cenário agrícola internacional, consolidando-se como um dos maiores produtores de commodities agrícolas como soja, milho, café, açúcar, entre outras. Como efeito do modelo agrícola adotado pela maioria dos produtores, visando aumento da produtividade e aumento da área cultivada, o Brasil também tornou-se um dos maiores consumidores de agrotóxicos do mundo (KUGLER, 2012), uma vez que este insumo é imprescindível neste modelo de agricultura. Com o aumento no consumo de agrotóxicos as preocupações com os resíduos destas substâncias em alimentos ganham evidência e tornam- se cada vez mais frequentes. No Brasil várias iniciativas têm sido implementadas com o intuito de garantir níveis seguros de resíduos de agrotóxicos para a população que consome alimentos provenientes de culturas tratadas com estas substâncias. Dentre estas iniciativas, têm sido executados programas de monitoramento de resíduos de agrotóxicos em alimentos com o objetivo de avaliar continuamente os níveis de resíduos nos produtos e, assim, garantir alimentos seguros à população. Esses programas de monitoramento podem ser estaduais ou de abrangência nacional, como é o caso do Programa de Análise de Resíduos de Agrotóxicos em Alimentos (PARA) da Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anvisa), e do Programa Nacional de Controle de Resíduos e Contaminantes (PNCRC) do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (MAPA). O presente trabalho analisa os resultados das avaliações desses programas e sugere ações estratégicas no sentido de garantir alimentos mais seguros à população.bitstream/item/84746/1/Doc-92.pd

Metodologia de análise crítica de dados estatísticos históricos sobre produção agropecuária.

Este trabalho tem como objetivo apresentar uma metodologia de análise crítica desses dados. A análise crítica proposta é feita por meio da: normalização dos dados em formato de rendimento por área ou rendimento por animal; análise da variação da média móvel aritmética de três anos do rendimento; determinação de valores discrepantes usando a técnica do box-plot e comparação dos limites inferiores e superiores com valores publicados em artigos científicos.bitstream/item/103967/1/20140624-BPD4-SGTE.pd

Fast fully automatic segmentation of the severely abnormal human right ventricle from cardiovascular magnetic resonance images using a multi-scale 3D convolutional neural network

Cardiac magnetic resonance (CMR) is regarded as the reference examination for cardiac morphology in tetralogy of Fallot (ToF) patients allowing images of high spatial resolution and high contrast. The detailed knowledge of the right ventricular anatomy is critical in ToF management. The segmentation of the right ventricle (RV) in CMR images from ToF patients is a challenging task due to the high shape and image quality variability. In this paper we propose a fully automatic deep learning-based framework to segment the RV from CMR anatomical images of the whole heart. We adopt a 3D multi-scale deep convolutional neural network to identify pixels that belong to the RV. Our robust segmentation framework was tested on 26 ToF patients achieving a Dice similarity coefficient of 0.8281±0.1010 with reference to manual annotations performed by expert cardiologists. The proposed technique is also computationally efficient, which may further facilitate its adoption in the clinical routine

Effects of agriculture on ground water in a recharge area of Guarany Aquifer in Brazil.

The region of Ribeirão Preto City located in São Paulo State, southeastern Brazil, is an important and highly mechanized sugar cane producing area. It is also an important recharge area of the Guarany aquifer, which provides water to several cities and rural communities in the region. Research has been conducted in this region since 1995 to assess the behavior of herbicides, such as atrazine, simazine, ametryn, tebuthiuron, diuron, 2,4-D, picloram, and hexazinone, applied in the area. Nitrate applied as nitrogen fertilizer was also evaluated. Espraiado watershed, located over the recharge area, was chosen for this study. Water samples were collected from seven wells located inside the watershed and from surface water of Espraiado stream. Other samples were taken from city wells located at the edge of the recharge area with exception of the control samples that were collected from downtown wells. Results have shown that no residue of herbicide was found in ground water wells and only ametryn was found at levels higher than the Maximum Concentration Level (MCL) of 0.1 ?g/L in surface water of the watershed. However, nitrate was detected at levels close to the MCL of 10 mg/L in wells located in downtown, far away from the sugar cane area

Dissipação de permetrina em pepino utilizando princípios de boas práticas agrícolas e de laboratório.

Resumo - Este trabalho teve como objetivo realizar testes de campo e de laboratório, utilizando os princípios das boas práticas de laboratório (BPL) e boas práticas agrícolas (BPA). Esses princípios foram criados para harmonizar procedimentos e garantir a aceitação dos resultados em diferentes países e regiões da Organização para Cooperação e Desenvolvimento Econômico (OCDE), além de serem obrigatórios para registro de agrotóxicos. Para adequar à instalação de teste desses princípios foi realizado um estudo de campo com aplicação de permetrina no cultivo de pepino, que é considerado uma cultura com suporte fitossanitário insuficiente (ou minor crops). Este pesticida foi selecionado por duas razões: (a) vem sendo detectado nos programas de monitoramento, e (b) trata-se de um produto não registrado para esta cultura. Após a aplicação do produto formulado Talcord 250 na cultura, amostras foram coletadas após 5, 10 e 21 dias de aplicação e os resíduos de permetrina foram quantificados por cromatografia gasosa acoplada à espectrometria de massas em série (CG-MS/MS). Observou-se através da curva de dissipação que após 17 dias de aplicação do produto houve o decaimento dos resíduos de permetrina, cujo valor encontrado estava abaixo do limite de quantificação do método, 0,005 mg Kg -1 . Os resultados obtidos servirão para subsidiar a adequação do Laboratório de Resíduos e Contaminantes (LRC) e o campo experimental (CE) da Embrapa Meio Ambiente, em Jaguariúna, SP, em BPL, de modo a consolidar competências para dar suporte fitossanitário às minor crops. This work had the objective of conducting field and laboratory tests, using the principles of Good Laboratory and Agricultural Practices. These principles were created to harmonize procedures and ensure acceptance of results in different OECD countries and regions and are also mandatory for registration of pesticides. To fit the test facility to these principles, a field study was carried out with the application of permethrin in cucumber cultivation, which is considered a crop with insufficient phytosanitary support (or minor crops). This pesticide was selected for two reasons: (a) it has been detected in the monitoring programs, and (b) it is a product not registered for this crop. After application of a formulated product Talcord 250 in the culture, samples were collected after 5, 10 and 21 days of application and the permethrin residues were quantified by gas chromatography coupled to mass-mass spectrometry (CG-MS / MS). It was observed through the dissipation curve that after 17 days of application of the product there was decay of the permethrin residues, whose value found was below the limit of quantification of the method, 0.005 mg kg -1 . The results obtained will serve to subsidize the adequacy of the Laboratory of Residues and Contaminants (LRC) and the experimental field (CE) of Embrapa Environment, in Jaguariúna, SP in GLP, in order to consolidate competences to give phytosanitary support to minor crops.bitstream/item/201528/1/Dissipacao-Permetrina-Barizon-Bol-83.pd

Determinação de pesticidas em água de poços tubulares em áreas de cultura de algodão na microrregião de primavera do leste, Mato Grosso.

O presente trabalho objetivou realizar uma avaliação preliminar da presença de pesticidas em poços tubulares em 5 áreas de cultura de algodão na região de Primavera do Leste. A caracterização da cobertura pedológica foi efetuada através da elaboração de toposseqüências. A geologia do local dos poços é representada por material argilo-arenoso com concreções ferruginosas da Cobertura Detrito-Laterítica. Foi realizado um levantamento dos pesticidas usados na cultura do algodão, cuja seleção baseou-se em suas propriedades físico-químicas e índices GUS e LIX. Foram realizadas quatro etapas de coleta de amostras de água nos meses de abril, agosto e novembro de 2002 e fevereiro de 2003. O método de análise consistiu na extração em fase sólida das amostras de água com determinação por CG/EM e HPLC/DAD. Dentre os pesticidas analisados foram detectados a atrazina, metolacloro, carbofuram, parationa-metílica, imidacloprido e diurom, com concentrações máximas de 0,07; 0,41; 1,08; 0,17; 3,41 e 2,00 µg L-1, respectivamente. Apesar dos pesticidas terem sido detectados em concentrações baixas, uma vez que os fatores responsáveis pela degradação destas substâncias estão ou ausentes ou presentes em muito menor intensidade nas camadas mais profundas do solo, a presença destas substâncias em águas subterrâneas é um indicativo da sua vulnerabilidade à contaminação

Determinação de pesticidas em água de poços tubulares em áreas de cultura de algodão na microrregião de Primavera do Leste, Mato Grosso.

O presente trabalho objetivou realizar uma avaliação preliminar da presença de pesticidas em poços tubulares em 5 áreas de cultura de algodão na região de Primavera do Leste. A caracterização da cobertura pedológica foi efetuada através da elaboração de toposseqüências. A geologia do local dos poços é representada por material argilo-arenoso com concreções ferruginosas da Cobertura Detrito-Laterítica. Foi realizado um levantamento dos pesticidas usados na cultura do algodão, cuja seleção baseou-se em suas propriedades físico-químicas e índices GUS e LIX. Foram realizadas quatro etapas de coleta de amostras de água nos meses de abril, agosto e novembro de 2002 e fevereiro de 2003. O método de análise consistiu na extração em fase sólida das amostras de água com determinação por CG/EM e HPLC/DAD. Dentre os pesticidas analisados foram detectados a atrazina, metolacloro, carbofuram, parationa-metílica, imidacloprido e diurom, com concentrações máximas de 0,07; 0,41; 1,08; 0,17; 3,41 e 2,00 µg L-1, respectivamente. Apesar dos pesticidas terem sido detectados em concentrações baixas, uma vez que os fatores responsáveis pela degradação destas substâncias estão ou ausentes ou presentes em muito menor intensidade nas camadas mais profundas do solo, a presença destas substâncias em águas subterrâneas é um indicativo da sua vulnerabilidade à contaminação

Three-dimensional late gadolinium enhancement cardiovascular magnetic resonance predicts inducibility of ventricular tachycardia in adults with repaired tetralogy of Fallot

Background - Adults with repaired tetralogy of Fallot (rTOF) die prematurely from ventricular tachycardia (VT) and sudden cardiac death. Inducible VT predicts mortality. Ventricular scar, the key substrate for VT, can be non-invasively defined with late gadolinium enhancement (LGE) cardiovascular magnetic resonance (CMR) but whether this relates to inducible VT is unknown. Methods - Sixty-nine consecutive rTOF patients (43 male, mean 40{plus minus}15 years) clinically scheduled for invasive programmed VT-stimulation were prospectively recruited for prior 3D LGE CMR. Ventricular LGE was segmented and merged with reconstructed cardiac chambers and LGE volume measured. Results - VT was induced in 22(31%) patients. Univariable predictors of inducible VT included increased RV LGE (OR 1.15;p=0.001 per cm3), increased non-apical vent LV LGE (OR 1.09;p=0.008 per cm3), older age (OR 1.6;p=0.01 per decile), QRS duration ≥180ms (OR 3.5;p=0.02), history of non-sustained VT (OR 3.5; p=0.02) and previous clinical sustained VT (OR 12.8;p=0.003); only prior sustained VT (OR 8.02;p=0.02) remained independent in bivariable analyses after controlling for RV LGE volume (OR 1.14;p=0.003). An RV LGE volume of 25cm3 had 72% sensitivity and 81% specificity for predicting inducible VT (AUC 0.81;p10cm3 was 100% sensitive and >36cm3 was 100% specific for predicting inducible VT. Conclusions - 3D LGE CMR-defined scar burden is independently associated with inducible VT and may help refine patient selection for programmed VT-stimulation when applied to an at least intermediate clinical risk cohort